Seine derzeit drei Krankenhäuser – Alten Eichen (Stellingen), Bethanien (Eppendorf) und Elim (Eimsbüttel) – vereint das Diakonieklinikum Hamburg ab Januar 2011 in einem Krankenhaus-Neubau mit 360 Betten. Damit ändert sich auch der Name: Mitten im Herzen von Eimsbüttel wird das neue AGAPLESION DIAKONIEKLINIKUM HAMBURG seine gebündelten medizinischen Kompetenzen zum Wohl der Patienten anbieten. Zu den Spezialgebieten gehören das Adipositas-Zentrum, das Darmkrebs-Zentrum sowie die Frauenklinik mit Geburtshilfe, Brustzentrum und Gynäkologischem Tumorzentrum. Weitere medizinische Schwerpunkte sind die Diabetologie, Handchirurgie, Plastische Chirurgie, Geriatrie, das Beckenbodenzentrum sowie das Schlaflabor.

Bereits seit 2005 gehört das Klinikum dem Gesundheitskonzern Agaplesion gemeinnützige AG mit Sitz in Frankfurt am Main an, der aus einem Verbund christlicher Krankenhäuser, Pflegeeinrichtungen und Ausbildungsstätten besteht. Er trägt das Agaplesion Diakonieklinikum Hamburg als Mehrheitsgesellschafter mit einem Anteil von 60 Prozent. Weitere Gesellschafter sind die Evangelisch-Lutherische Diakonissenanstalt Alten Eichen mit 20 Prozent und das Evangelisch-Methodistische Schwesternheim Bethanien mit 20 Prozent. Zu dem Gesundheitskonzern gehören bundesweit rund 80 Einrichtungen mit über 12.000 Mitarbeitern, darunter 22 Krankenhäuser sowie 32 Senioren- und Pflegeeinrichtungen.

Die Zugehörigkeit zum Konzern ermöglicht dem Agaplesion Diakonieklinikum Hamburg seine Markt­position in der Hansestadt zu stärken. Gleichzeitig wird das Klinikum durch den Zusammenschluss der drei Hamburger Krankenhäuser zu einem starken Partner, der mit seiner Philosophie „Mit Liebe zum Leben“ die lange Tradition der Häuser weiterführt: hohe medizinisch-pflegerische Kompetenz und eine besondere Zuwendung zu den Menschen in christlichem Geist. Diese Philosophie spiegelt sich auch im Namen Agaplesion wider, der aus dem Griechischen abgeleitet ist (agapéseis tón plesíon = Liebe deinen Nächsten).