Als natürlicher Östrogenersatz sollen entsprechende Sojapräparate bei Frauen jenseits der Fünfzig gegen typische Beschwerden der Wechseljahre helfen. Viele ärzte stehen dem allerdings kritisch gegenüber, da nicht ausreichend geklärt ist, ob diese bei längerer Einnahme das Brustkrebsrisiko erhöhen. Auch bei Menschen mit Schilddrüsenunterfunktion ist erst einmal Vorsicht angebracht. Besonders in isolierter und angereicherter Form wirken sich Phytoöstrogene ungünstig auf den Schilddrüsenstoffwechsel aus. Dabei ist nicht auszuschließen, dass die regelmäßige Einnahme von Sojapräparaten aber auch ein häufiger Verzehr von fermentierten Sojaprodukten wie Tempeh und Miso die Funktion der Schilddrüse auf Dauer stören.

Einen Anlass, Sojaprodukte komplett vom Teller zu verbannen, gibt es allerdings nicht. Gerade für fleischlos lebende Menschen oder Milchzuckerintolerante sind diese eine willkommene Abwechslung und Eiweißquelle. Doch auch hier gilt: weniger ist mehr. Besonders unfermentierte Produkte wie Tofu und Sojamilch enthalten reichlich Phytinsäure, welche die Aufnahme von Mineralstoffen wie Kalzium, Eisen und Iod im Darm stört. Zudem sind Verunreinigungen mit gentechnisch veränderter Soja in vielen Produkten keine Seltenheit mehr, doch für den Verbraucher nicht zu erkennen.